Werkstudent*in Bioinformatik

• Entwicklung und Pflege von Bioinformatik-Skripten, Tools und Analyse-Pipelines
• Unterstützung bei der Verarbeitung und Qualitätskontrolle von Sequenzierungsdaten
• Aufbau und Optimierung von Pipelines, die NGS-Ergebnisse mit KI-Modellen verknüpfen
• Unterstützung bei cfDNA-, CNV-, Fragmentomik- und anderen biomarkerbezogenen Analysen
• Mithilfe bei der Datenaufbereitung, Merkmalsextraktion und Dokumentation
• Verbesserung der Workflow-Automatisierung und Reproduzierbarkeit
• Dokumentation von Pipelines, Analyseschritten und Ergebnissen

Erforderlich:

• Masterstudium in Bioinformatik, Computational Biology oder einem verwandten Bereich der computergestützten Wissenschaften
• Erfahrung mit Python, der Analyse von NGS-Daten und bioinformatischen Workflows
• Vertrautheit mit Linux, Git/GitLab und Befehlszeilentools
• Strukturierte und lösungsorientierte Denkweise
• Interesse an KI-gestützter Diagnostik, Genomik und Flüssigbiopsie

Wünschenswert:

• Erfahrung mit Workflow-Tools wie Nextflow, Snakemake oder Ähnlichem
• Kenntnisse in den Bereichen cfDNA, CNV-Analyse, Variant Calling oder Fragmentomik
• Erfahrung mit R, Bioconductor, pandas, scikit-learn oder Bioinformatik-Bibliotheken
• Verständnis für Datensicherheit und den Umgang mit Daten im Gesundheitswesen
• Kenntnisse in Docker oder Cloud-Umgebungen sind von Vorteil

• Attraktives Gehalt
• Moderner und gut ausgestatteter Arbeitsplatz in zentraler Lage
• Gutes und kooperative Arbeitsatmosphäre in einem internationalen Team
• Flexible Arbeitszeiten

Die Stelle ist zunächst 1 Jahr befristet. Eine Verlängerung ist explizit erwünscht.